Naziv predmeta: BIOINFORMATIKA
Vrsta: Predavanja, vježbe na računalu
Razina: Napredni predmet
Godina: III
Semestar: 5
ECTS:
- 3 (predavanja, vježbe na računalu, konzultacije, samostalno učenje)
Nastavnik: Prof. dr. sc. Davor Juretić
Kompetencije koje se stječu: Poznavanje i lako korištenje osnovnih baza podataka i alata iz bioinformatike.
Preduvjeti za upis:Temeljna znanja iz biologije i statistike
Sadržaj:Najmlađa znanost o najstarijem jeziku. Biološke sekvencije i "on-line" baze podataka. Sačuvanost strukture & funkcije u tijeku evolucije - primjene u medicini i farmakologiji. Bioinformatički alati: SPLIT kao primjer. Aminokiselinske ljestvice. Hidrofobnost i ampifatičnost. Hidrofobni moment. Sklonosti i sklonosne funkcije. Klasifikacija proteina. Sekventni motivi u proteinima. Predviđanje sekundarne strukture proteina. DNA sekventni motivi. Algoritmi sravnjivanja slijedova. Evolucijske analize slijedova. Predviđanje gena. Genomske analize. Predviđanje prostorne strukture. Predviđanje interakcija proteina. Biokemijske mreže reakcija.
Preporučena literatura:
- Lesk Arthur, M.: "Introduction to Bioinformatics", Oxford Univ. Press, 2002.
Dopunska literatura:
- Baxevanis, A.D. i Ouellette, B.F.F.: "Bioinformatics. A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins". Wiley, 1998.
- Mount, D.W. : "Bioinformatics: Sequence and Genome analysis". Cold spring Harbor laboratory press, Cold spring Harbor, New York 2001.
- Higgins, D. i Taylor, W.: " Bioinformatics: Sequence, Structure and Databanks: A Practical Approach", Oxford Univ. Press, Oxford, UK, 2000.
- Gibas, C. i Jambeck, P.: "Developing Bioinformatics Computer Skills", O'Reilly, 2001. Gibas, C. i Jambeck, P.: "Developing Bioinformatics Computer Skills", O'Reilly, 2001.
Oblici provođenja nastave:
Izvedba nastave: predavanja, laboratorijske vježbe (na računalu) i seminarska obrada neke od predloženih tema.
Način provjere znanja i polaganja ispita:
Ispit: Usmeni i praktični dio provjere sposobnosti korištenja bioinformatičkih alata.
Jezik poduke i mogućnosti praćenja na drugim jezicima:
Hrvatski i engleski
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe svakog predmeta:Anketa prije i nakon održane nastave