IOR je utemeljen 1930 godine kao prva nacionalna institucija za istraživanje mora. Samom projektu osnivanja Instituta pristupio se izuzetno ozbiljno, te je rad na tom projektu potrajao čak preko deset godina. Za prvog ravnatelja Instituta, na međunarodnom je natječaju izabran norveški sveučilišni profesor, dr. Hjalmar Broch. Prof. Broch je iz Osla preselio u Split da bi na temelju norveških iskustava na području oceanografije organizirao znanstveno-istraživački rad u Institutu. Za glavne smjernice djelovanja Instituta određena su tri cilja:

• čisto znanstveno istraživanje
• primjenjivanje znanstvenih rezultata u svrhu razvoja ribarstva
• odgajanje znanstvenog podmlatka i djelovanje na šire slojeve pučanstva

    Nakon odlaska Hjalmar Broch-a, u Institutu je već stasala grupa mladih znanstvenika,koji su odlazili na usavršavanje u razne europske zemlje (Francusku, Njemačku, Dansku), a Institutom je upravljalo vijeće sastavljeno od nekoliko poznatih akademika (Stanković, Vouk, Đorđević i Hadži). U tom je razdoblju već započeo sustavni istraživački rad na moru, u okviru kojeg su uspostavljene 4 stalne oceanografske postaje u srednjem Jadranu.

    Rad u Institutu, iako sa znatno smanjenom aktivnošću, odvijao se i tjekom drugog svjetskog rata, da bi nakon rata dolaskom na čelo Instituta dr. Tonka Šoljana, započelo jedno izuzetno aktivno i uspješno razdoblje u povijesti Instituta. Najznačajniji poduhvat u tom razdoblju Institut je ostvario organiziranjem ribarstveno-biološke ekspedicije "HVAR" (1948/49), koja je po svom obimu i broju prikupljenih podataka i danas predstavlja jedinstveni podvig u okviru jadranske oceanografije. U to vrijeme su započela i redovita mjesečna mjerenja i uzorkovanja (fizikalni, kemijski i planktonski parametri) na profilu Split-Gargano, koja neprekidno traju sve do današnjih dana.

    Tijekom šezdesetih Institut je posebnu aktivnost iskazao sudjelovanjem u međunarodnoj ekspediciji MGG( ekspedicija organizirana u čast Međunarodne geofizičke godine), koja je radila na istim profilima kao NAJADE i CICLOPE ekspedicije (1911-1914). Početkom šezdesetih godina započinje se s mjesečnim mjerenjima primarne proizvodnje (C-14 metoda) u obalnim i otvorenim vodama srednjeg Jadrana.

    Početak sedamdesetih obilježen je jednom novom aktivnošću, koja u središte interesa dovodi obalno područje. Naime, nagla urbanizacija obalnog područja ima za posljedicu pojavu onečišćenja pojedinih dijelova mora, što je iziskivalo potrebu izrade ekoloških studija. U to vrijeme uspostavljen je i monitoring program praćenja kvalitete mora u obalnom podrucju Dalmacije "VIR-KONAVLE", koji se odvija jos i danas.

    Početkom osamdesetih s radom započinje međunarodna ljetna škola "Ribarski obrazovni centar za zemlje u razvoju", a ova aktivnost se u obliku tromjesečnog tečaja odvijala sve do početka rata (1981-1990). U to vrijeme je zatvoren institutski Akvarij, umjesto kojeg je izgrađeno mrijestilište. Istodobno je opremljen i racunski centar, s namjerom da se stvori središnja banka podataka za Jadran. U tom razdoblju se odvija i intenzivna suradnja s INA-om, u okviru koje je na području srednjeg, južnog i sjevernog Jadrana obavlja niz istraživačkih radova vezano uz eksploataciju plina.

    Glavno obilježje devedesetih godina je značajna kadrovska obnova Instituta upošljavanjem velikog broja mladih stručnjaka, što je dalo snažan poticaj znanstvenom radu u Institutu. Istodobno se povećava i nastavna djelatnost, jer Institut pri Sveučilištu u Splitu organizira Odjel za studij mora na kojem nastavu najvećim djelom izvode znanstvenici Instituta. Krajem devedesetih godina započinje rad na nacionalnom monitoring programu "JADRAN" u koji je uključen veći broj znanstvenih i stručnih institucija, a izvođenje najvećeg dijela tog programa povjereno je Institutu za oceanografiju i ribarstvo.